定量與校正
當(dāng)化合物已知，像臨床試驗(yàn)中，收集很多獨(dú)立樣品的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，服用的藥物和其目標(biāo)代謝物已經(jīng)完全表征，以上情況下不需要全掃描質(zhì)譜圖。但是，在復(fù)雜生理性的混合物中，要求非常高的靈敏度，因此設(shè)置質(zhì)譜儀僅監(jiān)測(cè)特定m/z值。因?yàn)殡x子連續(xù)流過(guò)三重或串聯(lián)四極桿，所以沒(méi)有必要限制離子流進(jìn)入質(zhì)量分析器。與之相反，離子阱有明確的有限容積，因此，需要防止過(guò)多的離子進(jìn)入離子阱。不限制離子強(qiáng)度，結(jié)果在質(zhì)譜圖中會(huì)出現(xiàn)不想要的或意外的峰，這樣當(dāng)試圖在GC/MS譜庫(kù)中搜尋EI譜時(shí)將非常麻煩。離子阱的設(shè)計(jì)已經(jīng)發(fā)生很大的改變，允許外部電離（在質(zhì)量過(guò)濾器外獲得離子，隨后離子注入離子阱），而不是內(nèi)部電離（在質(zhì)量過(guò)濾器電離）。設(shè)計(jì)的變更帶來(lái)了一個(gè)問(wèn)題，在阱中會(huì)發(fā)生離子分子反應(yīng)，但同時(shí)對(duì)離子流有一定限制。甚至在MRM模式下，這種總離子流的自動(dòng)調(diào)節(jié)機(jī)制會(huì)引起對(duì)單個(gè)色譜峰的不規(guī)則采樣間隔。因此，最終，在復(fù)雜基質(zhì)的痕量分析中，離子阱具有一定局限性，尤其當(dāng)要求有極高的準(zhǔn)確度和精確度時(shí)，在這種情況下，因?yàn)閿?shù)據(jù)必須具有合理性，或必須符合定量分析的準(zhǔn)確度和精確度的嚴(yán)格標(biāo)準(zhǔn)。
MS定量分析時(shí)，通常需要使用內(nèi)標(biāo)化合物。內(nèi)標(biāo)用于控制樣品提取、LC進(jìn)樣和電離等過(guò)程的誤差。如果沒(méi)有內(nèi)標(biāo)物，各種重復(fù)試驗(yàn)中的RSD將比有內(nèi)標(biāo)物的重復(fù)實(shí)驗(yàn)高出10倍。最好的內(nèi)標(biāo)物是目標(biāo)分子的同位素標(biāo)記物。雖然合成這類(lèi)分子非常昂貴，但是其有類(lèi)似的提取回收率，色譜保留時(shí)間和質(zhì)譜電離響應(yīng)等。
校正
質(zhì)譜學(xué)家使用校正化合物調(diào)整質(zhì)量校正比例和離子相對(duì)強(qiáng)度，與已知被測(cè)物相匹配。所有質(zhì)譜儀上都需進(jìn)行這一操作，因?yàn)殡娮印⒈砻娴那鍧嵍群蛯?shí)驗(yàn)室的周?chē)鷹l件可能影響質(zhì)譜儀的有效測(cè)量能力。對(duì)一些在低分辨質(zhì)譜儀上進(jìn)行的要求不高的分析來(lái)說(shuō)，校正可以較少，但儀器響應(yīng)高低的檢查要經(jīng)常做。但是，高的質(zhì)量準(zhǔn)確度則要求對(duì)質(zhì)量精度隨時(shí)監(jiān)控。
對(duì)GC/MS，常用的校正化合物是FC-43，也稱(chēng)為過(guò)氟三丁烷胺。其它的校正化合物混合物也被用于調(diào)整高分辨率質(zhì)譜的校正比例。碘化銫鈉（NaCsI）和聚乙二醇混合物是LCMS的校正物。在LCMS兼容的溶劑中，NaCsI以穩(wěn)定狀態(tài)流入或加入到質(zhì)譜儀中，在整個(gè)4000Da的范圍內(nèi)產(chǎn)生一系列單同位素峰，可用于質(zhì)量校正。含有可選擇的標(biāo)準(zhǔn)肽、蛋白質(zhì)、基質(zhì)和溶劑等，用于對(duì)MALDI質(zhì)譜儀進(jìn)行校正、調(diào)諧和靈敏度檢測(cè)的有效工具包已經(jīng)商品化。Sigma Aldrich®公司已經(jīng)這樣一種用于蛋白質(zhì)和肽復(fù)雜混合物的分析（700到66000Da）的一套試劑盒。
質(zhì)量鎖定
對(duì)于一些在TOF或類(lèi)似的高質(zhì)量精度的儀器上進(jìn)行的對(duì)質(zhì)量精度要求較高的測(cè)定時(shí)，需要隨時(shí)嚴(yán)格監(jiān)控儀器狀態(tài)。溫度的微小變化，可能導(dǎo)致質(zhì)量數(shù)幾個(gè)ppm的偏差。根據(jù)使用電離類(lèi)型，使用一些一直存在的已知污染離子，可實(shí)現(xiàn)連續(xù)的質(zhì)量校正。或者在整個(gè)分析過(guò)程中，對(duì)離子流定期取樣，以實(shí)現(xiàn)隨時(shí)校正。如果在色譜柱后，質(zhì)譜進(jìn)口之前的LC洗提液中，添加用于質(zhì)量鎖定的校正物，這通常引起不可控的結(jié)果，比如離子抑制，質(zhì)量數(shù)干擾和溶劑效應(yīng)等。TOF型質(zhì)譜儀能實(shí)現(xiàn)較低ppm的質(zhì)量精度，對(duì)于傅里葉變換離子回旋共振（FTICR）質(zhì)譜儀，如果控制進(jìn)入系統(tǒng)的離子數(shù)，則可達(dá)到更高的質(zhì)量精度。通過(guò)質(zhì)量鎖定對(duì)質(zhì)量數(shù)實(shí)時(shí)校正可以去除用事先已建立的質(zhì)量比例校正的質(zhì)量誤差。信號(hào)較弱有時(shí)是另一易被忽略的原因，可通過(guò)對(duì)LC峰各采樣點(diǎn)進(jìn)行平均進(jìn)行校正。雙電噴霧源是蛋白質(zhì)組學(xué)研究或低水平代謝物鑒定的理想電離方式。這種方法使用兩個(gè)獨(dú)立ESI探針，使用可編程的步進(jìn)馬達(dá)驅(qū)動(dòng)的振蕩阻隔板，從校正噴霧（或參照）流中取樣。在預(yù)設(shè)的間隔時(shí)間內(nèi)從對(duì)照噴霧取樣，并確保樣品采集任務(wù)循環(huán)。取樣阻隔板的位置被實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)，以便指示出兩液體的入口，對(duì)照和樣品數(shù)據(jù)存儲(chǔ)在獨(dú)立的文件中。這種設(shè)計(jì)減少了被測(cè)物和參照物的相互影響。
